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我院王希胤课题组在杨树基因组结构进化研究中取得重要进展
发布时间:2017-04-17 09:22:43  阅读次数:
410日,我院王希胤课题组在《Frontiers In Plant ScienceIF=4.495;中科院JCR分区 2区)上发表标题为“Two Highly Similar Poplar Paleo-subgenomes Suggest an Autotetraploid Ancestor of Salicaceae Plants”的创新性研究成果。教师王金朋与研究生刘银喆为共同第一作者,王希胤教授为通讯作者。
杨树作为杨柳科植物中多年生树木的模式生物已经测序完成,研究通过采用葡萄(Vitis vinifera)基因组作为参考,比较分析基因组内与基因组间的基因共线性,区分了与多次多倍化和物种分歧事件有关的旁系与直系基因的同源关系,并构建了两种基因组的联合比对。此外,文章描述了杨树同源基因组丢失规律,发现杨树有着两个十分相似的古代子基因组,暗示杨柳科植物可能共有一个同源四倍体祖先。总之,这项研究为杨树和其它杨柳科植物的基因组结构与功能进化研究提供了及时的、有价值的直系与旁系基因集。
 
文章链接(http://journal.frontiersin.org/article/10.3389/fpls.2017.00571/full
 

 Figure 1. Local dot plot between grape and poplar 

Figure 2. Alignment of poplar Chromosomes with grape as reference

Figure3. Alignments of Local Regions Sharing Homology

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