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我院教师揭示Trihelix转录因子基因家族的起源进化模式
发布时间:2018-09-03 14:13:49  阅读次数:
       我院青年教师王振怡于2018831日在《BMC Genomics(SCI IF=3.73)上在线发表研究论文“Genomic, expressional, protein-protein interactional analysis of Trihelix transcription factor genes in Setaria italia and inference of their evolutionary trajectory”,该论文第一完成人是王振怡,通讯作者是王希胤教授。
 
Trihelix转录因子基因家族的起源和系统进化树的构建

 
 
谷子Trihelix转录因子家族保守基序分析   
    谷子是一种重要的干旱半干旱作物,是中国、印度和其他亚洲国家人民的主食。Trihelix转录因子(TTF)是一个多功能转录因子家族,最早在植物中发现,在植物生长和逆境胁迫反应中起着重要作用。在植物进化过程中,人们对它们的起源和多样性知之甚少。通过比较基因组学分析,我们发现谷子和其他禾本科植物中的TTF家族成员在数百万年的进化过程中大多保留了他们祖先的染色体位置。TTF以前分为五个亚家族。通过对谷子、禾本科植物以及其他古老物种中的TTF进行系统发育分析,发现了一个最古老的亚家族。我们证明第四亚家族的一个亚族是最古老的,因此分离出来并定义了一个新的亚家族O亚家族,重新款划分了这一重要家族的系统发育结构。我们发现,从O亚家族开始,先后分化出亚家族IIII,后来又从亚家族I进化发育亚家族IIV。有趣的是,谷子基因Si1g016284O亚家族中是外显子最多的一个,说明这个最古老的基因的结构变化最大,但却发现在不同组织中高表达,它可能生物功能网络中连接了多种不同蛋白质。本研究对了解Trihelix转录因子的结构、功能创新以及进化过程具有十分重要的科学意义和潜在的经济价值。
    王振怡长期从事比较基因组学和生物信息学研究工作, 在作物全基因组结构和功能进化方面取得了一定的研究成果。截止目前,已发表研究性论文20余篇,11篇以主要作者发表在国际知名期刊Nature GeneticsMolecular Biology and EvolutionMolecular PlantNew PhytologistPlant PhysiologyFronts in Plant Science等,第一作者(或者通信作者)论文6篇;主持河北省教育厅自然科学基金项目1项;指导大学生创新项目4项,并指导学生以第一作者发表了相关学术论文。

 

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